潜山市农业科学研究所前身是潜山县种质资源示范场，后期整合了潜山县瓜蒌选育试验场、农产品检测站、农业机械设计室等机构，2019年4月24日，潜山市农业科学研究推进产学研成果参加安徽省科技成功转化交易会，省委书记、省人大常委会主任李锦斌，省委副书记、省长李国英，中国工程院党组书记、院长李晓红，中国科学院副院长相里斌，中国工程院副院长钟志华，中国社科院原副院长、发展实验室理事长李扬，省委副书记信长星，省委常委、常务副省长邓向阳，省委常委、合肥市委书记宋国权，省人大常委会副主任沈素琍见证签约，潜山市引入安徽科技学院团队，成功改制，正式登记名称为潜山市农业科学研究所。

潜山市农业科学研究所作为一家社会公益型新型研发机构，横向合作单位有中国热带农业科学院、江南大学、海南大学、安徽省农业科学院、安徽省循环经济研究院、安徽农业大学、北京中合金诺认证中心。

潜山市农业科学研究所内设综合管理办公室、产学研合作指导科、科技产业管理科、财务科。下设12个试验站（场），试验示范基地面积超过2.3万亩，并通过技术成果转化的方式参与投资4个产业经营公司。

潜山市农业科学研究所现有职工23人，其中技术人员16人，技术人员中有职称占比60%以上，享受国务院特殊津贴专家1人，主持过省部级项目5人。

瓜蒌是潜山市首位产业也是潜山市农业科学研究所重点突出的产品技术研究方向；研究瓜蒌种植技术。目前，研究所拥有瓜蒌种子培育实验室600㎡,新品种培育平台1个，连栋育苗温室20亩，瓜蒌种植基地430亩，大量应用水机一体化技术，采用机械化收货、集运是潜山瓜蒌的标杆。